广东省数据知识产权存证登记平台
登记信息
AAV9病毒变体小鼠肝脏组织感染能力文库Lib7 已登记
  • 数据申请号:

    粤2024012300157

  • 数据登记号:

    SZ2024120001211.5

  • 关键词:

    AAV9、感染能力

  • 登记时间:

    2024-04-02

  • 平台证书编号:

    20240344000001211

  • 数据处理者:

    暂无

  • 服务机构:

    暂无

  • 登记主体:

    广州译码基因科技有限公司

  • 法院编号:

    广州互联网法院 - f6f6ef7dcef6873a7f7a49236503fd91f2bf943a4a03645fa381acfbdbbb9fcd-749fc1a4;legalxchain

区块链信息
  • 上链时间:

    2024-03-27

  • 所属区块链:

    司法联盟链·广东省知识产权保护中心

  • 证据指纹:

    926a5122d6aa24d428de51d2a9f4563378993b3c20185e7af1d5c02bf137acbbb6af1188882a5309ad580b5efe03f06c998ceac68331dabbf61a7258bde3a105

  • 区块链存证证书编号:

    LXM-GDIPI-23202403275661536506

数据信息
数据简介
AAV9病毒变体小鼠肝脏组织感染能力文库Lib7,是包含约93万种AAV9变体的衣壳序列及其小鼠肝脏靶向分数的病毒文库。文库的设计方式是,在野生型AAV9衣壳蛋白587~588位点之间插入7~10个氨基酸的随机多肽片段。依次进行(1)序列合成,(2)质粒构建,(3)在体外细胞培养皿中进行质粒转染以便包装病毒文库,(4)病毒文库测序,(5)病毒文库对小鼠给药,(6)小鼠肝脏组织取材和测序,(7)用自研的方法分析测序数据,从而得到该文库。最终该文库包含的数据条目有:AAV9病毒变体的碱基序列、氨基酸序列、病毒库中的病毒读数以及RPM、肝脏组织读数以及RPM、感染能力分数等。
  • 数据来源:

    自行产生

  • 数据所属行业分类:

    M75 科技推广和应用服务业

数据处理规则说明
对病毒文库进行二代测序,分析测序结果,得到每条变体序列的读数,进而计算RPM值(Read Per Million),称为变体的病毒RPM。 对小鼠肝脏取材处理后进行二代测序,分析测序结果,得到在小鼠肝脏样本中每条变体序列的读数,进而计算RPM值,称为变体的组织RPM。 利用公式根据变体的病毒RPM、组织RPM,计算得到变体对小鼠肝脏的组织靶向性分数。 若对多只小鼠的进行了相同文库的给药和取材测序实验,则可以对多只小鼠的肝脏组织中第i种病毒变体的感染能力分数取均值,作为该病毒变体的最终感染能力分数值。
应用场景描述
基因治疗是指将外源正常基因导入靶细胞,以纠正或代偿基因缺陷和异常引起的疾病,最终达到治疗目的的一种生物治疗方法。将外源正常基因导入靶细胞的工具称为基因治疗载体。腺相关病毒(AAV)由于其安全性好、宿主细胞范围广、免疫源性低,在体内表达外源基因时间长、良好的组织特异性等特点,被视为最有前途的基因治疗载体。 AAV的血清型主要由其衣壳蛋白结构决定,不同血清型的AAV会影响其感染能力、组织特异性。目前AAV血清型种类只有10来种(AAV1~AAV10等),因此研究者也在积极地对AAV衣壳蛋白进行改造,开发出更多的、对特定组织感染能力更强或更弱的AAV变体。 其中,AAV9在神经、心脏、肌肉等组织有一定的感染能力,对肝脏的感染能力也比较强,而在用AAV9治疗神经疾病的时候,希望其尽可能少地感染肝脏,以便减小对被试地毒性。为了开发出高效靶向神经组织、负靶向肝脏组织的AAV9新变体,构建了本文库。 本文库诞生之后,利用数据可分析得到降低肝脏组织特异性靶向能力的关键motif、也可用于建立AI模型预测AAV9变体对小鼠肝脏感染能力、设计对小鼠神经感染能力强且对肝脏感染能力更弱的新型AAV9变体病毒。
  • 数据格式:

    excel

  • 数据更新频率:

    其他

  • 数据量:

    933863

样例数据
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数据结构样例
seq:AAV9病毒变体的碱基序列 aa:AAV9病毒变体的氨基酸序列 reads:组织读数 db_reads:文库总组织读数 rpm:组织RPM v_reads:病毒读数 v_db_reads:文库总病毒读数 v_seed_rpm:病毒RPM score:AAV9病毒变体对小鼠肝脏的感染能力
数据状态
  • 2024-04-02

    数据知识产权登记完成