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登记信息
肝癌空间单细胞转录组表达量数据 已登记
  • 数据申请号：

    粤2024122600607

  • 数据登记号：

    SZ2024120014584.0

  • 关键词：

    肝癌，单细胞RNA测序，空间转录组

  • 登记时间：

    2025-01-13

  • 平台证书编号：

    20241244000014584

  • 数据处理者：

    暂无

  • 服务机构：

    暂无

  • 登记主体：

    珠海市博兆医疗科技有限公司

  • 法院编号：

    广州互联网法院 - 5a390c15c2e65ff83398ab1be221c4775333d698a2adef944234dc21c042e063-749fc1a4;legalxchain

区块链信息
  • 上链时间：

    2024-12-26

  • 所属区块链：

    司法联盟链·广东省知识产权保护中心

  • 证据指纹：

    1bf75071e3b941aa428e9b76ee6a2310d9764312c99c7814349026d8fbe73284d994e642faaf2abfeebded1e2baf0bf51468fdd1e35457549ff42fe975b3de49

  • 区块链存证证书编号：

    LXM-GDIPI-23202412266012557697

数据信息
数据简介
基于肝癌空间单细胞转录组数据，通过先进的单细胞RNA测序技术与空间转录组技术的结合，系统性地记录了肝癌组织中不同细胞类型的空间分布及其基因表达特征。数据涵盖了肿瘤细胞、免疫细胞、基质细胞及其他相关细胞类型的详细转录组信息，精准捕捉了它们在肝癌组织中的空间分布特性及功能差异。通过高分辨率的空间信息整合，研究者能够深入解析肝癌微环境中不同细胞类型的相互作用及其动态变化，为肝癌的精准诊断和个性化治疗提供了新的研究视角和数据支持。
  • 数据来源：

    自行产生

  • 数据所属行业分类：

    M75 科技推广和应用服务业

数据处理规则说明
空间单细胞转录组测序数据处理通常包括以下关键阶段：数据预处理：从测序平台生成的基因表达矩阵和空间定位信息中提取原始数据，采用标准化的流程清洗数据。具体包括过滤低质量细胞（如基因表达量过低或异常细胞）和异常基因表达值，同时剔除可能受背景噪声或实验误差影响的空间点，并对少量缺失值进行插补或删除，以确保数据的准确性和完整性。特征提取与筛选：对基因表达矩阵进行归一化处理，校正样本间测序深度或其他技术性偏差。结合空间信息，计算细胞间的空间距离、基因表达相关性等特征，并采用相关性分析和特征选择算法识别关键基因与重要空间特征，构建优化的特征集，为后续分析奠定基础。
应用场景描述
通过空间单细胞测序技术对肝癌组织及其微环境进行精细解析，揭示肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的空间分布及基因表达特征，为肝癌的发生发展机制提供深入洞见。例如，可研究肿瘤细胞与免疫细胞之间的相互作用，分析免疫抑制微环境中关键细胞亚群的特征及空间定位；同时，结合高分辨率的空间信息，探索基质细胞在肿瘤生长与侵袭过程中的动态变化。该技术还可用于评估抗肿瘤药物的作用机制，通过监测药物处理后肿瘤微环境中细胞类型的空间分布与功能变化，揭示药物对免疫细胞或基质细胞的调控作用。此外，在研究肝癌转移时，可利用空间单细胞测序技术对原发灶和转移灶进行系统性比较，解析转移过程中的关键细胞行为和基因调控网络，为肝癌的精准诊疗和个性化治疗策略提供重要数据支持。
  • 数据格式：

    h5ad

  • 数据更新频率：

    其他

  • 数据量：

    1000000

样例数据
fov Area AspectRatio x_FOV_px y_FOV_px Width 4-1BB B7-H3 Bcl-2 Beta-catenin CCR7 CD11b CD11c CD123 CD127 CD138 100 5924 0.84 138 842 97 2.430229 3.090305 2.858398 5.797676 2.122994 3.160384 1.819913 2.758972 5.360382 4.934705 100 7845 0.71 122 683 102 1.524378 3.024644 3.512531 5.456967 1.818478 2.329781 2.155086 3.459679 4.559424 4.200908 100 7923 0.8 138 1595 99 2.828526 3.134212 2.03312 5.367123 2.806376 2.184431 2.494435 3.345994 4.536564 4.963111
数据结构样例
字段说明 fov（整数类型）：视野编号，表示单细胞图像所在的视野区域编号。 Area（整数类型）：单细胞的面积（像素单位）。 AspectRatio（浮点类型）：单细胞的长宽比，用于反映细胞形状特征。 x_FOV_px（整数类型）：单细胞在视野中水平方向的像素位置（范围内像素值）。 y_FOV_px（整数类型）：单细胞在视野中竖直方向的像素位置（范围内像素值）。 Width（整数类型）：单细胞宽度的像素值。 标志物表达值 4-1BB, B7-H3, Bcl-2, Beta-catenin, CCR7, CD11b, CD11c, CD123, CD127, CD138（浮点类型）： 这些字段表示单细胞上不同标志物的表达值。每个标志物对应一个具体的基因，其值为定量检测所得的表达强度，数值越大表明标志物在细胞中的表达越高。
数据状态
  • 2025-01-13

    数据知识产权登记完成

管理单位：广东省市场监督管理局（知识产权局）

登记机构：广东省知识产权保护中心

网站备案号：粤ICP备19045762号

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