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登记信息
金域医学呼吸道病原微生物靶向测序数据集 已登记
  • 数据申请号：

    粤2024112700437

  • 数据登记号：

    SZ2024220014897.8

  • 关键词：

    呼吸道感染；病原微生物；tNGS；公共卫生

  • 登记时间：

    2025-02-23

  • 平台证书编号：

    20241244000014897

  • 数据处理者：

    暂无

  • 服务机构：

    暂无

  • 登记主体：

    广州金域医学检验集团股份有限公司

  • 法院编号：

    广州互联网法院 - d5dccecdd586dd5dbfc173ae7feb808518d2a504b442fca0c3edef722336c110-749fc1a4;legalxchain

区块链信息
  • 上链时间：

    2025-02-18

  • 所属区块链：

    司法联盟链·广东省知识产权保护中心

  • 证据指纹：

    69f2839ab5db8e70e1774db81b597a44aad477f39510850f49a2e99f1a1034c5990d5af321129a2a26980b7be65dd1d3df47e2ce21ec1af05f8524dd534ddef1

  • 区块链存证证书编号：

    LXM-GDIPI-23202502185378635201

数据信息
数据简介
金域医学呼吸道病原微生物靶向测序数据源于金域医学自研的呼吸道感染病原体二代靶向测序（targeted next-generation sequencing, tNGS）技术产生的医学检验数据，覆盖了400+种常见呼吸道病原体。数据经过清洗、标准化等操作形成数据库表，数据字段包含了标本相关信息变量、送检机构信息变量、送检时间变量、临床诊断变量、检出病原体结果变量、标本类型变量。 数据集时间覆盖范围为2020年8月至2024年11月，数据规模达到249.3万例，数据量达到7.6G，更新频率为日更新（T+3）。
  • 数据来源：

    协议取得

  • 数据所属行业分类：

    Q84 卫生

数据处理规则说明
数据生产：样本于金域实验室使用多重靶向扩展技术及高通量测序技术进行检测， 使用的设备产生下机数据。下机数据首先存储在设备对应的本地机器中，由金域实验室本地终端进行数据初步预处理生成检测结果等数据。通过API接口实时/定时上传至金域集团持有的金域医学检验核心平台系统中各金域实验室独立掌控、 未经许可无法被访问的模块。 数据匿名化处理： 主要是采用“抑制”技术，金域实验室数据管理人员运行设定的数据匿名化自动处理程序删除了数据中涉及个人信息的字段，仅保留样品信息和检测结果数据。 数据采集：使用数据采集的相关技术，包括OGG、消息总线、Flink等数据集成技术将匿名化后的数据采集到数据中台。 数据加工： 数据中台构建数据仓库，使用Flink/Spark等离线计算、实时计算框架对数据进行加工处理，支持复杂查询和快速检索。使用Python进行大规模数据处理与分析，实现送检量和阳性率统计、趋势分析、对应区域等功能。 数据清洗：对收集的数据进行彻底的检查，识别并去除无效或错误的数据记录，确保数据的准确性和可靠性。 数据标准化：统一不同来源数据的格式和度量标准，确保数据的一致性。
应用场景描述
为政府公卫制定防控政策、医疗机构开发筛诊方案、制药企业药物研发及市场配置和科研机构开展研究等提供数据支持。 主要应用场景包括： 政府公卫机构：通过整合第三方检测机构和公共卫生机构的数据，提高公共卫生数据的完整性，为呼吸道传染病相关的防治策略的制定提供数据支持。 医疗机构：结合医疗机构自身数据和金域医学呼吸道病原微生物靶向测序数据集进行分析，为呼吸道病原微生物的精准防控策略提供数据支持。 药企：为药企评估现有药物效力、药物市场配置及药物研发策略的制定提供基于数据的参考依据。 科研机构：为科研机构开展呼吸道传染病相关研究提供数据参考和数据支撑。
  • 数据格式：

    csv

  • 数据更新频率：

    日更新

  • 数据量：

    10000

样例数据
以"barcode","pathogen_species_code","pathogen_code","pathogen_sequence_number" 4列为例： "barcode","pathogen_species_code","pathogen_code","pathogen_sequence_number" "1219315191", BA,BA0112,234 "2432231693",VI,VI0022,59 "2112516592",VI,VI0021,1309 "2539257827",BA,BA0115,6730 "0644582359",VI,VI0062,972 "1130244471",FU,FU0013,91 "2114294951",FU,FU0016,4384
数据结构样例
表名：sd_tngs.sd_union 字段名称包括： barcode, sex, age, days_of_age, customer_code, standardized_customer, hospital_id, hid, province_id, city_id, send_time, respiratory_infections等 字段类型包括：serial4，int4，varchar(32)，varchar(32)，int2，numeric(8, 2)，int4，varchar(32)， varchar(128)，int4，varchar(32)，varchar(32)，varchar(32)，timestamp，int2等
数据状态
  • 2025-02-23

    数据知识产权登记完成

管理单位：广东省市场监督管理局（知识产权局）

登记机构：广东省知识产权保护中心

网站备案号：粤ICP备19045762号

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